Durante le missioni delle due fazioni nella campagna principale di Far Cry 2, gli amici potranno chiamarti per chiederti di sovvertire i compiti che ti hanno appena assegnato. Le missioni di sovvertimento degli amici sono in totale 12.
Missioni secondarie che possono offrirti gli amici se ti recerai in uno dei due bar nei due distretti. In totale ci sono 26 missioni secondarie degli amici, ma in una partita possono essere svolte solo 22 missioni, dato che Marty Alencar può essere trovato solo in uno dei due distretti, e non puoi svolgere le missioni del personaggio che hai scelto.
Il negoziante nei negozi d'armi, durante la campagna ti proporrà di eliminare un convoglio nemico che si aggira nella mappa di gioco, una volta completata la missione ti ricompenserà sbloccando nuove armi nel catalogo del negozio. Ci sono un totale di 8 missioni convogli.
Missioni secondarie che ti verranno offerte da un contraente misterioso che ti contatterà tramite delle antenne sparse nella mappa di gioco, il tuo compito è sempre il medesimo, uccidere un obiettivo in un luogo prestabilito. Ci sono in totale 12 missioni assassinii.
Le missioni degli attivisti indipendenti sono attività secondarie legate alla malattia del giocatore e quindi all'avanzamento nella campagna principale. L'obiettivo è consegnare dei passaporti nei rifugi degli Attivisti indipendenti nei due distretti, per ricevere in cambio una scorta di medicine per tenere a bada la malaria. In totale ci sono 8 missioni degli Attivisti indipendenti.
Le missioni del predecessore sono missioni bonus che possono essere sbloccate tramite dei codici da inserire nell'apposita sezione nel menù principale, i codici venivano distribuiti alle persone che avevano preordinato Far Cry 2 da GameStop. Lo scopo principale di queste missioni è quello di recuperare dei nastri. In totale ci sono 7 missioni del predecessore.